文明の衝突を超えて、日本の立ち位置を学問として確立し、グローバルな課題に立ち向かうことのできる人文社会科学を実現すべく、ICRは次のミッションを持つ。
ミッション1:トランスナショナルな比較法の開発
国家の枠を超えた発想と方法、すなわちトランスナショナルな比較法を開発する。
ミッション2:グローバルな問題解決
共生を価値として、グローバルな問題解決のためにアイデンティを保持した共生の在り方を目指す。
ミッション3:研究発信力の強化
日本の立ち位置を学問として確立し、分野別の「人文社会科学のイノベーション」を行い世界に発信する。